扁平疣藥膏多數為居家水楊酸（Salicylic acid）、門診三氯醋酸（TCA）或Imiquimod免疫調節藥物，而治疣液或角質軟化膏裡面含有的成分就是水楊酸，但濃度越高就越需要小心使用，不要過度治療傷及正常組織。塗藥後可用紗布或OK繃貼住隔絕，避免水楊酸碰到正常的皮膚。
酸類的原理是軟化並破壞代謝受感染的皮膚角質，外用水楊酸藥物可用於足部疣、尋常疣及手部的扁平疣，但不建議用於臉部或生殖器。臉部的扁平疣，門診會使用三氯醋酸，局部點在病毒疣的。
酸類藥物的副作用最常見是皮膚的刺激、皮膚色素沈澱或脫失。若是出現嚴重之紅腫、疼痛刺激，就必須暫停藥物的使用。
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